淡水珍珠与海水珍珠的养殖技术是不同的，因此结构也有所不同。淡水珍珠是无核的，所有的成分都由珍珠质组成，因此若以淡水珍珠制成珍珠粉，不存在其它物质混杂。而海水珍珠是有核的，其核一般由猪蹄蚌的贝壳磨成，珍珠质仅覆盖于表面，厚0.1~0.3毫米，生长期1年左右（淡水珠达4~5年），因此海水珍珠外围的珍珠质较薄，若以海水珠全部磨粉，则其中只有少量的珍珠质，大部分是贝壳粉，所以药用或美容效果不好，但如果海水珍珠要加工成100%的珍珠粉，必须先去掉内核，成本很高，也不易加工。 另外，海水珍珠多因有内核，起形状比较好控制，大多都比较规则，所以用做装饰品或手饰价值会更高，只有少部分不规则无装饰价值的海水珍珠用来做珍珠粉，所以海水珍珠粉的产量也不高。 
　　在药典中，海水珍珠和淡水珍珠是可以同等入药的，但海水珍珠粉因加工困难，如要加工成100%珍珠粉则成本高，价格和淡水珍珠比自然没有优势，而现在市面上买的便宜的海水珍珠粉很多都是没有去核，含有贝壳粉，甚至有的用贝壳粉充当珍珠粉欺骗消费者，而淡水珍珠因内部无核，加工方便，且产量大，化学成分比海水珍珠还有优势，所以，有淡水珍珠做珍珠粉的原料也是的选择。